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Le SEP a été créé par Jean-Pierre Gontard en 1979 suite à la décision de la DDC de nommer l'IUED comme l'un des régisseurs pour l'exécution de projets bilatéraux sous mandat. Un an après, Daniel Fino est recruté pour renforcer le service.
Le grand défi a été d'intégrer les activités opérationnelles dans les activités de formation (académique et formation continue) et de recherche.
Quand Daniel Fino est devenu directeur des activités opérationnelles en janvier 2000, il s'est préoccupé d'expliquer le sens des activités opérationnelles du service. Cet effort de conceptualisation avait débuté dans les années 90. Le SEP a commencé à introduire des outils de programmation - suivi - évaluation. La question de l'intégration des activités académiques et opérationnelles a aussi régulièrement fait l'objet d'ateliers et de rencontres au niveau du collège des enseignants.
Au début des années 2000, le SEP en tant que tel fut dissout, car le système de régie fut peu à peu abandonné. Les activités opérationnelles furent intégrées comme partie du dicastère FAS (Finance-Administration-Services) qui était la troisième sous-direction (à côté de la direction de l'enseignement et la direction de la Recherche). Daniel Fino a occupé ce poste pendant huit ans jusqu'à la fusion entre HEI et IUED en 2008.